販売基本情報は、会計期ごとに情報を持つために当期と翌期の自動採番が平行して働いている可能性があります。 

① まずは会計期間を（当期）に設定します。

② 「販売」＞「販売設定」＞「販売基本情報」を開き、
　 「伝票番号」タブの各伝票の「次回番号」を確認してみましょう。

③ 次に、会計期間を（翌期）に設定し、「販売」＞「販売設定」＞「販売基本情報」を開き、
　 「伝票番号」タブの各伝票の「次回番号」を確認してみましょう。

「設定」＞「期末処理」で「翌期準備処理」を行った会計期間が（当期）の時点の「次回番号」が、翌期の開始番号として移行されているので、翌期準備処理をした直後に、当期・翌期の両方の会計期で伝票登録をするとその分の伝票番号が重複してしまいます。
会計期間を（翌期）に設定し、「販売」＞「販売設定」＞「販売基本情報」を開き、各伝票の「次回番号」を新たに設定することで任意の番号から自動採番がされるようになります。