当期の数字が固まっていない状況で翌期の仕訳登録を開始されている可能性があります。
期締め処理を行わずに翌期準備処理を行った場合、その時点での期末残高を繰り越す仕様となっております。
よって、翌期の仕訳登録を開始された後に当期の仕訳の修正・削除が入ると当期末残高と翌期首残高の金額が一致しなくなります。

正しく数字を合わせるには、次の操作をお願いいたします。

「設定」＞「期末設定」＞「翌期残高更新」を押下してください。
次に、「処理開始」ボタンを押下します。