社員が退職する際、給与から住民税の特別徴収を行っている場合は、その社員への最終支給となる給与で何月分までの住民税を徴収するかを確認します。
退職日が1月1日〜5月31日である時、給与支払者には、原則として最終支給となる給与から5月分までの住民税を一括徴収するよう義務付けられています。 ただし、最終支給の給与額が一括徴収する住民税よりも少ない場合などでは、一括徴収は行わず、普通徴収に変更することも可能です。

退職する社員が納める年間住民税の残りを一括徴収する（退職日が1月1日〜5月31日である場合）

退職する社員への最終給与で徴収する住民税の月分以降は普通徴収に切り替える

退職する社員の希望により、その社員が納める年間住民税の残りを一括徴収する

退職する社員の次の転職先に特別徴収を引き継ぐ（転職先が決まっている場合）

住民税の年額決定と特別徴収の期間

住民税は、前年1月1日～12月31日所得から住民税（年額）が決定されます。
給与所得者の場合は、多くは年末調整によって年間所得が確定しますが、「確定申告」を行った方は確定申告によって決定します。
年末調整で所得が確定した社員を例とすると、会社から社員に「源泉徴収票」が手渡されますが、源泉徴収票と同じ情報が記載された「給与支払報告書」という資料を、 会社は社員が住民票を置く市区町村に提出します。市区町村はこの「給与支払報告書」を基に住民税を決定しています。
市区町村は住民税（年額）を決定すると、5月～6月までに会社に「住民税決定通知書」を送付します。会社は通知書で指示された住民税（年額）を12ヶ月（12等分）で6月～翌年5月の給与で天引き（特別徴収）します。

一括徴収する【退職日：1月1日～5月31日】

退職日が1月1日～5月31日である場合は、給与所得者としては5月分までの住民税を一括徴収することが義務付けられています。
ただし、最終支給の給与額が一括徴収する住民税よりも少ない場合などでは、一括徴収は行わず、普通徴収に変更することも可能です。
退職する社員と確認し、一括徴収する場合は、「給与設定」＞「社員設定」＞「社員住民税」で一括徴収の設定を行います。
「社員住民税」の各月に登録した住民税は、登録した同じ月の給与支給日で控除（天引き）します。
例えば、「社員住民税」の7月に登録した住民税は、7月1日～7月31日が給与支給日となる給与計算で特別徴収することになります。

普通徴収に切り替える【退職日：6月1日～12月31日】

退職日が6月1日～12月31日である場合は、退職日までの給与で徴収する住民税の月分までが会社が行う特別徴収で、その後は市区町村からの普通徴収になるよう切り替え手続きを行います。
例えば、8月15日に退職する場合は、8月分までの住民税を徴収し、9月分からは市区町村からの普通徴収になるよう、退職する社員が住民票を置く市区町村に手続きを行います。
退職する社員からの申し出があれば、退職する月で徴収する住民税より以降の分を含めて、一括徴収を実施しても差し支えはありません。

次の転職先に特別徴収を引き継ぐ

退職する社員の次の転職先が決まっており、退職日から次の転職先の入社日の期間が短いのであれば、次の転職先に特別徴収を引き継ぐことができます。職場間の住民の特別徴収の引継ぎを行うとしても、 手続きに2カ月程度かかる場合もあるため、退職する社員及び次の転職先と合意がある場合になるでしょう。
ただし、退職してから次の転職先の入社日まで1ヶ月以上ある場合は、次の転職先での特別徴収の引き継ぎは現実的ではないため、一括徴収または普通徴収への切り替えのどちらかになります。

市区町村への手続き

退職する社員の住民税について、最終の給与支給での徴収方法が上述のいずれの方法であっても、社員が住民票を置く市区町村に「（特別徴収に係る）給与所得者異動届出書」を提出します。
「給与所得者異動届出書」は市区町村によって届出書の記載レイアウト等が異なるため、社員の退職が決まったら、該当社員が住民票を置く市区町村に確認します。
「給与所得者異動届出書」は市区町村役場に持参するか郵送提出です。 提出期限についても市区町村によって異なることがありますが、一般的には『退職日を入れた月の翌月10 日まで』になります。